У нее нет врагов, то есть тех, кто бы на нее охотился.
Исключение - человек, однако охота на нерп запрещена. До 2009 года выдавалась квота на промышленный отлов 50 животных, а с конца 2014 года квота выдается только исследовательским институтам.
Несмотря на это, байкальская нерпа до сих пор является промысловым видом и не занесена в красную книгу.